海南鳽部分留鸟，部分候鸟。它们一般白天隐藏，晚上出来活动，尤以晨昏活动最为频繁，但繁殖育雏期间，有时白天也出来活动觅食。 食性以小鱼、蛙和昆虫等动物性食物为主。在滩地上和浅水区觅食鱼虾、小螺和昆虫等，在林中树上营巢。

海南鳽是夜行性鸟类，白天隐于密林中，夜晚活动，主要捕食溪流或水库中的小鱼。一般在天黑前后（19:15-19:35）飞出去觅食，早晨天刚亮时（4:50-5:15）回树上休息，除了育雏期，一般中途不回来，而是整夜在外觅食。出去觅食和回巢时间受天气和人为干扰影响较大，有1-2小时的差别。至于觅食地点，据广东始兴车八岭国家级保护区技术人员观察，是在水质清澈、流速缓慢且水深20-50厘米的河流浅滩中，也会在农田旷野或水塘觅食。在青嶂山保护区，它主要在瀑布水库周边几大片被淹废弃的农田中觅食，有时也会飞离保护区到距巢3公里以外的农田、水塘等区域觅食。

跟普通夜鹭不同，海南鳽有些非常特殊的生活习性：一是不喜群居。大部分观察到的海南鳽，都是一只飞过，还未见过两只一起出外觅食的现象。同一晚有时雌、雄鸟都会外出觅食，但不会同时出去和回巢，有3-5分钟的时间差。二是不喜鸣叫。不论在栖息地或筑巢地都极难听到海南鳽的鸣叫。它就像幽灵一样，毫无声息地飞来飞去，给人一种“神秘”的感觉。雏鸟也只在孵化出壳后二十多天时在亲鸟喂食时会大声吵闹，生长后期，乞食声也变得越来越低沉、轻微，只在近巢树下才听得到。